生于大海，守護(hù)大海，去往大海——　　那就是藍(lán)色人魚！　　憧憬著守護(hù)海洋安全的職業(yè)“藍(lán)色人魚”進(jìn)入橫須賀女子海洋學(xué)校的岬明乃，被任命為航洋艦“晴風(fēng)”的艦長(zhǎng)，和同班的成員一同參加海洋實(shí)習(xí)。　　本應(yīng)是驅(qū)動(dòng)艦船前往目的地的安全航海，但等待著她們的卻是接連不斷的危機(jī)。來自教員艦突然的發(fā)炮、與失控的其他學(xué)生艦的戰(zhàn)斗、救難船的救護(hù)活動(dòng)等等，她們歷經(jīng)千辛萬(wàn)苦地跨越了這種種困難，終于平安返回陸地，成員之間也由此結(jié)下了牢固的牽絆。　　騷動(dòng)后過了1個(gè)月，正在享受考試假期的晴風(fēng)成員遭遇了新的危機(jī)——晴風(fēng)班將面臨解體。晴風(fēng)成員在大為動(dòng)搖的同時(shí)，再度團(tuán)結(jié)一致，最終阻止了班級(jí)的解體，更進(jìn)一步加深了牽絆。　　之后，晴風(fēng)解體危機(jī)之后3個(gè)月——　　在橫須賀舉辦了包括吳、舞鶴、佐世保在內(nèi)的全體女子海洋學(xué)校學(xué)生齊聚一堂、開展文化祭與體育祭的“競(jìng)斗游戲會(huì)”，明乃等晴風(fēng)班成員也為了準(zhǔn)備歡迎祭而忙成一團(tuán)。　　大和、信濃、紀(jì)伊等超大型艦的班級(jí)也都前來集會(huì)，就在各種各樣的演出與競(jìng)技正火熱的時(shí)候，新的“危機(jī)”正向她們逼近……！